Fundacja Koty SOS opiekuje się przede wszystkim kotami wolno żyjącymi. Organizuje akcje sterylizacji/kastracji i dokarmiania bydgoskich kotów. Fundacja wspiera działania karmicieli dostarczając karmę dla kotów oraz pomagając w ich łapaniu i opłaceniu zabiegów sterylizacji/kastracji. Do domów tymczasowych trafiają oswojone koty bezdomne, nieradzące sobie na wolności i kocięta zbyt wcześnie pozbawione opieki matki lub z miejsc dla nich niebezpiecznych. Niektóre koty znajdują nowe domy, ale w ich miejsce przychodzą nowe. Pod bezpośrednią opieką Koty SOS znajduje się stale ponad 120 kotów.